Sono partito dal tema di default di buddypress, lo modificato pesantemente mantenendo la sua gerarchia delle cartelle ovvero (bp-default e bp-sn-parent).
L'ho attivato e applicato al mio bel Wordpress MU.
TUTTO OK 
Poi mi sono accorto di questo simpatico problema "estetico" del blog degli utenti.
Allora ho copiato/incollato il mio tema modificato. Cambiatogli nome nel file style.css e cambiato il nome delle cartelle (bp-default e bp-sn-parent che ora sono diventate rispettivamente ivostriblog-default e ivostriblog-sn-parent), ho modificato i file header.php e home.php, uplodato il tutto online.
Poi da Admin ho attivato la selezione dei due nuovi temi (default e parent). Mi loggo come utente amministratore del blog figlio, vedo i due nuovi temi con il nome da me datogli e seleziono il default (stessa procedura già effettuata con successo per il tema padre).
Vado per ricaricare la mia homepage del blog figlio e.....tadàààààà.....ho ancora belle belle lì in vista le righe di codice che invece non ci sono più nei miei file.
Ad esempio nel file header.php ho cancellato il div nav (menù orizzontale di navigazione) ma è ancora lì.
E, come se non bastasse, se modifico il tema padre, mettendo ad esempio un asterisco su una voce di menù, vedo la modifica anche nel blog figlio, che invece dovrebbe proprio non vederlo quel file (header.php).
Quindi è chiaro che, nonostante i percorsi nei file modificati siano giusti, Lui nonostante mi dica da pannello amministratore che il tema associato è quello figlio prende invece tutto dal tema padre.
Sicuramente dipende da qualche punto/passaggio da me saltato nel creare un nuovo tema...almeno credo 
boh
spero di aver chiarito maggiormente le idee e non di averle confuse 
è risolta
ovvero la tua convinzione era sbagliata...